براساس بخشنامه جدید دولت، تعرفه هایی که در سیستم ثبت سفارش بازرگانی به عنوان ارز مرجع تعریف شده است، در صورت تمایل متقاضی می تواند به صورت نوع معامله غیرمرجع نیز اعمال شود. در این بخشنامه آمده است: متقاضی باید در سیستم ثبت سفارش کالا وارد شده و در صفحه درخواست ثبت کالا، کلید ثبت کالای جدید را کلیک کرده و تعرفه مورد نظر که در سیستم با اولویت ارز مرجع است، را در قسمت شماره تعرفه کالا درج کند. در این راستان پنجره ای با اخطار ذیل نمایش داده می شود: متقاضی گرامی تعرفه انتخابی شما در تعرفه های با اولویت تخصیص ارز بانکی با ارز مرجع وزارت صنعت، معدن و تجارت است، در صورتیکه به هر دلیلی درخواست عدم استفاده از این تسهیلات را دارید لطفا فرم ذیل را تکمیل کنید: در این راستان متقاضی باید کلید ok را کلیک کرده سپس فرمت ثبت دلایل عدم استفاده از تسهیلات را کلیک و در قسمت دلایل عدم تائید یکی از موارد ذیل را مشاهده می نماید:
کالا در گمرک موجود است
تمایل شخصی و خرید قبلی
زمان بری انتقال ارز بانکی
عدم تامین ارز از سوی بانک عامل
متقاضی پس از انتخاب یکی از گزینه های بالا باید کلید ذخیره را انتخاب کند.